時間追溯到舊中國海關時期。1929年，當時的海關總稅務司署建立關警隊，成立沿邊陸上武裝緝私隊伍，并組建了擁有幾十艘大、小型巡緝艦的海上緝私艦隊，堪稱“中華民國第二海軍艦隊”。
新中國成立后，根據對舊中國海關“全盤接收、逐步改造”這一政策，舊中國海關關警隊的建制一直延續到20世紀50年代，改稱為人民關警隊。
新中國成立之初，以美國為首的西方國家對新中國實行嚴密的經濟封鎖，造成國內一些商品嚴重短缺，而毗鄰港澳的華南邊境港灣河流錯綜復雜，陸地丘陵起伏，且未實行嚴格的邊境管理，旅客無需證件即可自由進出，走私活動十分猖獗。拱北海關轄區內、與澳門交界的關閘支關一帶，每天有約1000輛自行車載貨走私，每輛自行車每天往返五六次。廣（州）深（圳）鐵路沿線每日走私的更是多達萬人以上。國民黨殘余軍隊特別是特務機關，也利用港澳與大陸之間緊密的物資人員交流，進行爆炸、偷渡、走私、偷運假幣等破壞活動。如1954年6月，國民黨海軍軍艦將正常行駛在臺灣海峽的原蘇聯“陶普斯”號油輪劫持到臺灣，企圖借此扼殺新中國的對外貿易。華南各海關緝私工作既危險又繁重，其他海關也有相應的緝私任務。
針對上述情況，新中國海關加強武裝緝私力量建設，1949年底至1950年初，各海關對接管的關警隊進行了改編。1950年4月18日，經政務院財政經濟委員會批準，統一了全國海關查私武裝部隊名稱、編制、任務及服裝式樣。海關查私及警衛武裝部隊統一改稱“中華人民共和國海關人民關警隊”，簡稱“人民關警隊”。其任務是：查私、押運、看守私貨關產及警衛工作。
人民關警隊成立初期，人員有1100多人，分布在全國18個海關，其中九龍海關人數最多。人員與武器裝備主要在接管原關警隊的基礎上加以補充和完善。1950年6月，華南緝私艦隊起義歸來事件爆發，滯留香港的20艘緝私艦艇聽從黨的召喚，于6月15日夜冒險閉燈啟航，在解放軍的掩護下，沖破當時國民黨軍隊的炮艇封鎖線，于16日清晨駛抵廣州沙面水域，投入了黨的懷抱，也增強了人民關警隊力量。
根據中央人民政府政務院1950年1月27日公布的《關于關稅政策和海關工作的決定》，1951年前后，海關總署通令各關，將巡衛國境海岸的職能及武裝艦艇及各海關所在地之外專為查私而設的機構，移交中央人民政府公安部，各口岸海關轄區內緝私工作仍由海關承擔，自此人民關警隊更多地承擔警衛、守護、抄船等工作，人員編制逐漸減少，職能管理工作也由原海關總署查私處負責轉為人事處負責。1955年，尚有天津、青島、上海、福州、廈門、汕頭、廣州、九龍、江門9個海關保留關警，有的單純擔任警衛工作，有的還協助進行查私工作。
1955年4月14日，全國海關人事工作會議提出對各海關關警隊的處理意見：單純擔任警衛的關警可以取消，其他執行協助抄船、查私任務的可予保留。根據這一意見，各海關關警隊編制開始陸續撤銷。1957年7月，編制最為龐大的九龍海關關警隊編制正式撤銷。從此，人民關警隊完成了自己的階段性使命。
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