1、報關
貨主或其代理人應在種牛進境前30天，向入境口岸隸屬海關和指運地隸屬海關報關，并提交《檢疫許可證》、合同等單據，每份《檢疫許可證》只允許單次使用。
2、單證審核
海關工作人員在受理時應當審核貨主或代理人提交的申報資料完整性、有效性和一致性。
3、審單布控
通過新一代查管系統對檢驗檢疫項目、抽樣比例、實驗室檢測項目等進行布控。
4、許可證核銷
進境口岸海關受理申報后，登錄海關總署進境動植物檢疫審批管理系統對進境動物數量進行核銷。
5、查驗準備
包括審核相關單證，查閱相關資料，了解產地疫情，根據進境動物來源確定查驗重點；確定檢測項目；落實現場查驗時間、地點和采樣事宜；準備登輪（機、車）防護服、通訊工具和現場檢疫工具；實驗室檢疫準備工作。
6、現場檢驗檢疫
對入境運輸工具停泊的場地、所有裝卸工具、中轉運輸工具進行消毒處理。上下運輸工具或者接近動物的人員接受海關的監督實施防疫消毒。
動物到達后，海關工作人員登機（輪、車）核查輸出國官方檢疫部門出具的有效動物檢疫證書，查驗動物數量、品種是否相符，并從監管人員庫隨機抽取2名以上具備專家崗查驗資質關員實施檢驗檢疫工作，登機（輪、車）清點動物數量、品種，逐頭進行臨床檢查。
經現場臨床檢疫合格后，同意卸離運輸工具，同時派專人隨車押運或加施海關鉛封，將動物運輸到指定的隔離檢疫場。
7、隔離檢疫
種牛隔離檢疫期為45天，如需延長的，須由直屬海關報海關總署批準。
所有裝載動物的器具、鋪墊材料、廢棄物均須經消毒或無害化處理后，方可進出隔離場。
飼養、管理人員必須經縣級以上醫院體檢合格后，方可進入隔離場從事隔離飼養管理動物工作。
隔離檢疫期間，海關按照gb/t18088的標準、《檢疫許可證》的要求及年度計劃開展相關采樣檢測。
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