按照我國同其他田家締結的避免雙重征稅協(xié)定、互免海運企業(yè)國際運輸收入?yún)f(xié)定、海運協(xié)議以及英他有關協(xié)議或換文，外國公司可以享受減稅或免稅待遇的，須自行或委托其扣繳義務人分別向當?shù)刂鞴車叶悇站痔顖?外國公司船船運輸收入免征企業(yè)所得稅證明表)，向當?shù)刂鞴艿胤蕉悇站痔顖?外國公司船舶運輸收人免征營業(yè)稅證朗表)，并提供其他有關證明文件。末申增免稅或不能提供有關證明文件的，不得享受免稅待遇。外國公司不能及時提交免稅證明的，應先按規(guī)定交稅，待取得免稅證明后再辦理退稅。
扣繳義務人在國際貿(mào)易出口項下向外國公司支付運費時，應向外匯指定銀行提交完稅憑證或免稅證明。不能按要求提供完稅憑證或免稅證明的，不得對外付匯。根據(jù)《稅牧征收管理法》的規(guī)定，扣繳義務人應扣末扣、應收而不收稅款的，由稅務機關向納稅人追繳稅款，對扣繳義務人處應扣末扣、應收來收稅款50%以上三倍以下的罰款。
無船承運人稅收管理
根據(jù)《國際梅運條例》及有關規(guī)定，中國企業(yè)法人和境外國際船船運輸公司在中國境內從事無船承遠業(yè)務，應向交通部提出申請并提交有關申謂材料，取得《無船承運業(yè)務經(jīng)營資格登記證》。《國家稅務總局關于從事國際海運無船承運業(yè)務使用發(fā)票有關問題的通知》(國稅函[2002]404號)規(guī)定，在中國境內注冊，并依法取得交通部(無船承運業(yè)務經(jīng)營資格登記證)的企業(yè)，可以向稅務機關申謂辦理領購、使用《國際海運業(yè)運輸專用發(fā)票》事宜、領購、使用《國際海運業(yè)運輸專用發(fā)票》。
對于從事無船承運業(yè)務取得的收入是按營業(yè)稅交通運輸業(yè)稅目(稅率為3％)交稅還是按營業(yè)稅服務業(yè)錦目(稅率為5%)交稅的問題，一時成為人們爭論的焦點。
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