加工貿易企業(yè)要內銷最好采取集中內銷補稅的方法，因為傳統(tǒng)的先補稅再內銷的做法存在兩個硬傷，第一是由于內銷計劃或生產(chǎn)計劃的變動，補稅的數(shù)量和實際內銷數(shù)量不一致；第二是每次要辦理內銷補稅手續(xù)，如果有緊急的內銷訂單或需求是無法及時對應的。
使用加工貿易電子賬冊的企業(yè)和特殊監(jiān)管區(qū)域內的企業(yè)無需申請就有集中內銷補稅的資格，而使用加工貿易電子手冊的企業(yè)則需要向主管海關提交《集中辦理內銷納稅手續(xù)情況表》，獲批集中內銷補稅資格。
企業(yè)可以先行內銷，在當月末之前向海關集中辦理內銷補稅手續(xù)，并且不得超過手冊有效期或賬冊核銷周期。2020年7月后，由于疫情的影響，海關將集中內銷補稅期限放寬到按季度申報納稅不得跨年操作，企業(yè)需在每年4月15日、7月15日、10月15日、12月31日前進行申報。
每季度結束后有15個工作日讓企業(yè)有充裕的時間辦理內銷補稅手續(xù)，有內銷業(yè)務的加工貿易企業(yè)平時也需要管理好內銷記錄，及時總結核算，在申報期限前向海關提出準確的內銷申報數(shù)據(jù)。
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