認(rèn)為應(yīng)按交通運(yùn)輸業(yè)稅目交稅的人認(rèn)為，從事無(wú)船承運(yùn)業(yè)務(wù)的企業(yè)是以承運(yùn)人身份接受托運(yùn)人的貸載，簽發(fā)自己的提單或運(yùn)輸證，向托運(yùn)人收取運(yùn)費(fèi)，承擔(dān)承運(yùn)人責(zé)任，從事的是運(yùn)輸經(jīng)營(yíng)活動(dòng)。因此，應(yīng)按交通運(yùn)輸業(yè)稅目交稅。
認(rèn)為應(yīng)按服務(wù)業(yè)稅目交稅的人認(rèn)為，交通運(yùn)輸業(yè)是指使用運(yùn)輸工具或人力、畜力將貨物或旅客送達(dá)目的地，使其空間位置得到轉(zhuǎn)移的業(yè)務(wù)活動(dòng)。雖然無(wú)船承運(yùn)人在無(wú)船承運(yùn)業(yè)務(wù)中擔(dān)當(dāng)承運(yùn)人的身份，但并沒(méi)有從事稅法規(guī)定的運(yùn)輸經(jīng)營(yíng)活動(dòng)。無(wú)船承運(yùn)人在其經(jīng)營(yíng)活動(dòng)中只不過(guò)是以自己的名義而不是以承運(yùn)人的名義簽發(fā)提單。其取得的收入雖然稱為運(yùn)費(fèi)，但其實(shí)際所得仍然是提供運(yùn)輸經(jīng)營(yíng)的組織活動(dòng)所取得的服務(wù)費(fèi)收入，不管這種牧入是代理性質(zhì)的服務(wù)費(fèi)收入還是其他性質(zhì)的服務(wù)費(fèi)收入。因此，無(wú)船承運(yùn)業(yè)務(wù)仍然要按照服務(wù)業(yè)稅目征稅。
隨著貨運(yùn)代理人規(guī)模的不斷增大、實(shí)力的不斷增強(qiáng)，其業(yè)務(wù)范圍也不斷擴(kuò)展。有的貨運(yùn)代理人除從事貸運(yùn)代理業(yè)務(wù)之外，還從事運(yùn)輸、倉(cāng)儲(chǔ)等經(jīng)營(yíng)活動(dòng)。這些經(jīng)營(yíng)活動(dòng)雖然都征收營(yíng)業(yè)稅，但屬于不同的營(yíng)業(yè)稅稅目，稅率不同。根據(jù)稅法規(guī)定，納稅人兼有不同稅目應(yīng)稅行為的，應(yīng)當(dāng)分別核算不同稅目的營(yíng)業(yè)額；未分別核算營(yíng)業(yè)額的，從高適用稅率。因此；貨運(yùn)代理人應(yīng)將各種經(jīng)營(yíng)活動(dòng)取得的收入分別核算，避免因會(huì)計(jì)處理不當(dāng)而造成多交稅款的結(jié)果。
另外，如果貨運(yùn)代理人從事財(cái)產(chǎn)租貨、貨物運(yùn)輸或倉(cāng)儲(chǔ)保管或等經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，應(yīng)注意繳納印花稅。租賃機(jī)動(dòng)車輛、機(jī)械設(shè)備、船舶等的，應(yīng)按財(cái)產(chǎn)租賃合同金額的千分之一繳納印花稅。從事貨物運(yùn)輸?shù)模瑧?yīng)按貨物運(yùn)輸合同金額的萬(wàn)分之五繳納印花稅。從事倉(cāng)儲(chǔ)、保管業(yè)務(wù)的，應(yīng)按倉(cāng)儲(chǔ)保管合同的干分之一繳納印花稅。對(duì)于不開立合同，只開立單據(jù)，或者合同不規(guī)范的，應(yīng)按實(shí)際計(jì)算金額繳納印花稅。
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